Thế chiến thứ nhất kết thúc năm 1918, tuy nhiên Dönitz vẫn bị người Anh giam giữ. Đến tháng 7 năm 1920 ông mới được trở về nước Đức. Sau khi trở về nước, Dönitz tiếp tục phục vụ trong Lực lượng hải quân của Cộng hòa Weimar. Ngày 10 tháng 1 năm 1921, ông trở thành Đại úy trong Lực lượng hải quân mới của Đức (Vorläufige Reichsmarine). Dönitz chỉ huy các tàu phóng lôi, và được thăng quân hàm Thiếu tá vào ngày 1 tháng 11 năm 1928.

Ngày 1 tháng 9 năm 1933 Dönitz trở thành Trung tá hải quân và được giao chỉ huy tàu tuần dương Emden, nơi các học viên và chuẩn úy hải quân đã mất một năm trời đi biển để học cách điều khiển nó.

Năm 1935, Hải quân đế quốc Đức (Reichsmarine) được đổi tên thành Kriegsmarine bởi Đảng Quốc xã. Lúc ấy Đức vẫn bị cấm sở hữu tàu ngầm do các điều khoản của Hòa ước Versailles. Đến ngày 18 tháng 6 năm 1935, Vương quốc Anh và Đức ký kết Hiệp ước Hải quân Anh - Đức. Điều này cho phép nước Đức được sở hữu các loại tàu ngầm nhỏ. Vào ngày 1 tháng 9 năm 1935, Dönitz được thăng quân hàm Đại tá (cấp thấp). Ông được giao chỉ huy đội tàu ngầm nhỏ đầu tiên của Đức, bao gồm các tàu U-7, U-8 và U-9. Người Anh khi ấy tin rằng tàu ngầm không còn là mối đe dọa với họ vì khi lặn xuống mặt nước chúng có thể được xác định bằng xung âm thanh qua việc sử dụng kỹ thuật sóng âm phản xạ (sonar) hoặc thiết bị chống tàu ngầm (ASDIC). Ở Đức người ta cũng có chung nhận định như vậy. Tuy nhiên, Dönitz đề xuất nên tấn công các đoàn tàu vận tải của đối phương vào ban đêm với đội tàu U-boat nổi trên mặt nước, nơi chúng có tốc độ nhanh hơn các tàu vận tải và bắn ngư lôi ở khoảng cách 600 yard (550 mét).

Học thuyết hải quân của Đức lúc bấy giờ, dựa trên học thuyết của Đô đốc Mỹ Alfred Mahan và được đông đảo hải quân các nước đón nhận, kêu gọi xây dựng một hạm đội tàu ngầm kết hợp với đầy đủ lực lượng trên mặt nước để đối phó với các tàu chiến của đối phương. Tháng 11 năm 1937, Dönitz thuyết phục các cấp trên về tính khả thi của việc tấn công các tàu thương mại, đồng thời ông cũng chịu sức ép cho việc thay đổi phần lớn các tàu trong Hạm đội Hải quân Đức lúc bấy giờ sang tàu ngầm U-boat. Dönitz biện hộ cho phương án tấn công các tàu thương mại (guerre de course), đồng thời chỉ ra rằng việc tiêu diệt các tàu chở dầu của Anh Quốc sẽ làm cạn kiệt nguồn nhiên liệu cho các tàu chiến của Hải quân Hoàng gia Anh. Cách hiệu quả nhất đó là dùng thủy lôi để bắn chìm các tàu này. Dönitz cũng tranh luận thêm rằng Hạm đội Đức với lực lượng 300 tàu U-boat kiểu VII mới có thể loại nước Anh ra khỏi vòng chiến.